نام اصلی او (م‌ح‌م‌د) است. پیامبر اكرم در ضمن حدیثی فرمود: اسم او اسم من و كنیه اش (ابا القاسم) كنیه من است. كنیه های امام (اباالقاسم، ابو صالح، ابو عبدالله، ابو ابراهیم، ابو جعفر و ابو الحسین است. اما القاب حضرت عبارتند از:

مهدی: مشهورترین لقب و به معنای هدایت شده است. كسی كه توسط خداوند هدایت شده است. امام صادق علیه السلام می فرمود: آن حضرت را مهدی نامیدند چون مردم را به امری كه پنهان است راهنمایی می كند.

قائم: یعنی قیام كنندۀ به حق و برگرفته از روایت رسول خداست كه فرمود: از این جهت قائم را قائم می نامند كه پس از فراموش شدن نامش قیام می كند.
امام جواد رحمه الله نیز فرمود: زیرا بعد از آن كه نامش از یادها فراموش شد و اكثر معتقدین به امامتش از دین برگشتند، قیام می كند.

منصور: امام باقر علیه السلام در تفسیر آیۀ «من قتل مظلوما» فرمود: او حسین بن علی است و دربارۀ بقیۀ آیه؛ «فقد جعلنا لولیه سلطانا فلایسرف فی القتل انه كان منصورا» فرمود: منظور امام زمان است.

منتظر: امام جواد علیه السلام فرمود: وی برای مدتی طولانی غیبت می كند و علاقمندان منتظرش خواهند بود و آن ها كه تردید دارند انكار خواهند كرد.

بقیة الله: وقتی حضرت ظهور كند، پشت به كعبه می كند و سیصد و سیزده نفر به دورش جمع می شوند، اولین چیزی كه می فرماید این آیه است: (بقیة الله خیر لكم ان كنتم تعلمون). در بسیاری از دعاها نیز به همین لقب از حضرت یاد شده است.
حجة الله، خلف صالح، خاتم، موعود، روح القدس، تسلی دهنده، غریم (طلب كار) ، مؤمل (منتظر و آرزو برآورده شده) ، منتقم، ماء العین (آب طاهر و جاری بر زمین) ، ولی الله، صاحب الامر، صاحب الزمان و... نیز از دیگر القاب حضرت است.

دوران غیبت 
در پی شهادت امام حسن عسكری علیه السلام و هجوم خطرها به جان امام زمان (عج) در سال 260 (یا 259) غیبت امام آغاز شد كه به دو دورۀ غیبت صغری (از شهادت امام عسكری تا 329) و غیبت كبری تقسیم می شود.